Thanh lọc sắc tộc không nhất thiết là phải đồng nghĩa diệt chủng, tuy nhiên diệt chủng có thể là một phương tiện để thanh lọc sắc tộc. Tiêu chuẩn để quyết định là ý định. Trong khi diệt chủng được hiểu là cố ý muốn giết một phần hay toàn bộ một sắc tộc, tôn giáo, mục đích của thanh lọc sắc tộc có thể chỉ là muốn di chuyển một nhóm nào đó ra khỏi một vùng nhất định. Để thực hiện mục tiêu đó họ áp dụng những biện pháp khác nhau như bắt buộc phải di cư, trao đổi dân chúng cho đến việc đưa vào trại tập trung và giết người tập thể.